Ответ:
При совмещении индивидуальным предпринимателем двух специальных режимов (УСН и ПСН) необходимо вести учет по каждому из них отдельно в соответствующей книге учета доходов и расходов.
Обоснование: Порядок учета доходов и расходов индивидуального предпринимателя, применяющего УСН, осуществляется в соответствии с положением ст. 346.24 Налогового кодекса РФ, по ПСН - ст. 346.53 НК РФ. На сегодняшний день установлены отдельные формы книг учета для УСН и ПСН. Обе они утверждены Приказом Минфина России от 22.10.2012 N 135н.
В книге учета доходов индивидуальных предпринимателей, применяющих ПСН, учитываются лишь те факты хозяйственной деятельности, которые связаны с извлечением дохода в отношении видов деятельности, поименованных соответственно в п. 2 ст. 346.43 НК РФ, в целях п. 7 ст. 346.45 НК РФ. Указанная книга учета доходов ведется отдельно по каждому полученному патенту (ст. 346.53 НК РФ).
В книге учета доходов и расходов индивидуальный предприниматель, применяющий УСН, в случае совмещения специальных режимов учитывает доходы и расходы, которые не относятся к видам деятельности, в отношении которых применяется ПСН. Данный налоговый регистр служит для определения суммы налога, подлежащей уплате в бюджет в связи с применением УСН (ст. 346.24 НК РФ).
Аналогичный вывод содержится в Письме Минфина России от 03.09.2013 N 03-11-11/36264.