1980-1985 - научный сотрудник Башкирского сельскохозяйственного института;
1985-1999 - инженер,младший старший,ведущий научный сотрудник БФАН СССР ныне Института органической химии УНЦ РАН; научный сотрудник института органической химии;
1999-2000 - доцент, профессор БГАУ;
2000-2002 - заместитель председателя Государственного комитета РБ по науке, высшему и среднему профессиональному образованию;
2002-2004 - заместитель министра образования РБ;
2004-2010 - вице-президент Академии наук Республики Башкортостан;
с 2010 - ректор Башкирского государственного университета.
Общественная деятельность:
председатель Совета Ассамблеи народов Республики Башкортостан.
Научная деятельность
Область научных интересов: региоспецифичное замещение в ряду ароматических аминов, направленный синтез биологически активных азотсодержащих гетероциклических систем и нуклеозидов.
Почтное звание "Заслуженный деятель науки Республики Башкортостан"
Академик Академии наук Республики Башкортостан
Автор свыше 150 научных работ, в том числе 16 изобретений.
Среди учеников А.Г. Мустафина 6 кандидатов наук.
